Внешний вид AmigaOS, хотя он по-прежнему в значительной степени основан на более ранней версии 3.1, был несколько изменен с улучшенным пользовательским интерфейсом на основе ReAction, улучшенным рендерингом значков и официальной поддержкой фонов в реальном цвете. Эти выпуски включали поддержку существующих сторонних улучшений графического интерфейса, таких как NewIcons, путем интеграции этих исправлений в систему. Выпуски 3.5 и 3.9 включали новый набор из 256 цветных значков и возможность выбора обоев рабочего стола. Они заменили стандартную цветовую схему «Цельнометаллический серый 4/8», использовавшуюся в AmigaOS с версии 2.0 на версию 3.1. Основными улучшениями были введение панели запуска программы под названием AmiDock, переработанные пользовательские интерфейсы для системных настроек и улучшенные служебные программы.
