Bibfilex гораздо менее продвинут, чем другие библиографические менеджеры, такие как JabRef или KBibTex, и допускает лишь несколько настроек. Его сила заключается в простоте, скорости, особенно при использовании со многими элементами, и легкости: это скомпилированное программное обеспечение (не требуется среда выполнения, например виртуальная машина Java или платформа .Net), и для хранения данных используется быстрая база данных. Кроме того, он изначально работает в GNU/Linux с библиотеками GTK или Qt, в Windows и OS X с библиотеками Carbon.
Bibfilex может создавать и управлять файлами, которые представляют собой каталоги многих элементов, даже тысяч. Файл Bibfilex представляет собой базу данных SQLite (www.sqlite.org), популярного программного обеспечения, данные которого можно легко прочитать и экспортировать с помощью различных инструментов, доступных в Интернете. В файле Bibfilex данные не хранятся в соответствии с форматом Biblatex, поэтому на него нельзя ссылаться как на библиографический файл в документе Latex. В любом случае, Bibfilex может экспортировать автоматически или одним щелчком мыши все или часть содержимого файла в файл формата Biblatex; его можно прочитать непосредственно с помощью JabRef, импортировать в Zotero или на него можно сослаться в документе Latex. В то же время Bibfilex может напрямую импортировать базу данных JabRef или любой другой файл BibLatex с такой же структурой.
Bibfilex вносит несколько изменений в положение некоторых полей по сравнению с официальным руководством Biblatex. В список обязательных полей были добавлены некоторые другие, которые иногда запрашиваются в гуманитарной области, такие как «издатель», «местоположение» и т. д. Таким образом, все наиболее часто заполняемые поля отображаются все вместе в раздел «Основные поля» интерфейса.