Boxshade — это программа для создания красивых распечаток из выравнивания нескольких последовательностей белков или ДНК. Программа не выполняет выравнивание сама по себе, она принимает в качестве входных данных файл, предварительно обработанный программой множественного выравнивания или редактором множественных последовательностей, таким как ClustalOmega.