Геймплей Deep Sea Tycoon включает в себя выбор одного из 24 разных персонажей и создание подводного города, наполненного различными зданиями и особенностями, от дворцов русалок до ресторанов морепродуктов. Благодаря выбранному персонажу и решениям, которые он принимает в своем городе, игрок может стать безжалостным нефтяным магнатом или чем-то подобным, или защитником окружающей среды.
Геймплей похож на Moon Tycoon. Игрок создает здания на плоском участке земли, которые должны быть соединены с другими зданиями «туннелем». Единственными существенными отличиями являются сценарий и типы зданий, которые используются в каждой игре.