Непрекращающиеся боевые действия в Таркове вызвали массовую панику; местное население бежало из города, но те, кто остался, хотят улучшить свое состояние за счет других. Хорошо вооруженные банды начали передел города. Тарков разделен невидимыми границами, контролируемыми разными группировками.
Игрокам предстоит пожить в шкуре одного из наемников, переживших начальный этап Тарковского конфликта. Выбрав одну из сторон — USEC или BEAR — персонаж игрока начинает пробираться за пределы города. Тарков оцеплен ооновскими и российскими военными, цепочки снабжения оборваны, связь с оперативным командованием потеряна, и в этих условиях каждый должен сделать свой собственный выбор, что делать и как выбраться из охваченного хаосом мегаполиса.