ImageJ — это общедоступная программа обработки изображений на основе Java, разработанная Национальным институтом здравоохранения. ImageJ был разработан с открытой архитектурой, которая обеспечивает расширяемость с помощью подключаемых модулей Java и записываемых макросов. Пользовательские плагины сбора, анализа и обработки могут быть разработаны с использованием встроенного редактора ImageJ и компилятора Java. Написанные пользователем плагины позволяют решать многие задачи обработки и анализа изображений.