MKVtools был в первую очередь разработан для обработки файлов mkv для использования в проигрывателях DVD с поддержкой DivX, его возможности были расширены, чтобы обеспечить ввод большинства стандартных форматов видеофайлов. Как следует из названия, MKVtools — это графический интерфейс для множества инструментов, полезных для обработки видеофайлов.