MSYS представляет собой набор утилит GNU, таких как bash, make, gawk и grep, которые позволяют создавать приложения и программы, которые зависят от присутствия традиционных инструментов UNIX. Он предназначен для дополнения MinGW и недостатков оболочки cmd.
Примером может служить сборка библиотеки, использующей систему сборки autotools. Пользователи обычно запускают «./configure», а затем «make», чтобы собрать его. Для сценария оболочки configure требуется интерпретатор сценариев оболочки, который отсутствует в системах Windows, но предоставляется MSYS.