Protopedia — это база данных в стиле вики, содержащая информацию о широком спектре биологических макромолекул. Сайт предлагает обобщенную информацию об интересующей молекуле в дополнение к трехмерным изображениям структуры молекулы и информации о ее взаимодействиях, местоположении и мишенях. Как платформа в стиле вики, Protopedia позволяет сообществу добавлять информацию на основе своих исследований и публикаций и стремится предоставлять информацию таким образом, чтобы помочь другим в исследованиях и облегчить обучение студентов.